Αφού ληφθεί ξανά ένα σύντομο ιστορικό προς επιβεβαίωση στοιχείων , φαρμάκων και ένδειξης για την κολονοσκόπηση ξεκινά η προετοιμασία του ασθενούς.

• Τοποθετείται φλεβοκαθετήρας στον ασθενή ώστε να μπορούν να χορηγηθούν τα απαραίτητα φάρμακα.
• Χορηγούνται φάρμακα για τη μέθη που θα προκαλέσουν υπνηλία.
• Ο γαστρεντερολόγος θα εισάγει μέσω του πρωκτού ένα λεπτό εύκαμπτο σωλήνα, το κολονοσκόπιο το οποίο στο άκρο του έχει κάμερα. Έτσι, με ήπιες κινήσεις ελέγχεται ολόκληρη η επιφάνεια του εντέρου.
• Γίνεται λήψη βιοψίας με ειδικά εργαλεία που εισάγονται στο κολονοσκόπιο. Βιοψία λαμβάνεται σε περίπτωση που βρεθεί κάποια βλάβη, όπως φλεγμονή ή καρκίνος ώστε να γίνει παθολογοανατομική εξέταση.
• Πολυπεκτομή: εάν ανευρεθεί πολύποδας ο οποίος έχει το μέγεθος και τα μορφολογικά χαρακτηριστικά που επιτρέπουν την αφαίρεση του από γαστρεντερολόγο, τότε ο ίδιος θα προχωρήσει σε πολυπεκτομή. Αυτή απαιτεί ειδικές τεχνικές καθώς και εργαλεία. Προτιμάται να γίνεται σε νοσοκομειακό περιβάλλον.

Η κολονοσκόπηση δεν πονάει. Ορισμένοι ασθενείς αισθάνονται μετά ήπια και παροδική ενόχληση που οφείλεται στην κατακράτηση αέρα εντός του εντέρου. Ο αέρας εισάγεται κατά την εξέταση ώστε να διαταθεί το έντερο και να ελεγχθεί η επιφάνειά του, και απορροφάται σταδιακά από το τοίχωμα του.

Ούτε η λήψη βιοψίας ούτε η πολυπεκτομή πονάει. Δεν γίνεται αντιληπτή από τον ασθενή.